생물계통수 추정을 위한 최대가능도와 베이즈 추론법의 비교

• 영문명: Comparison of Maximum Likelihood and Bayesian Inference to Estimate Phylogenetic Relationships
• 발행기관: 한국자료분석학회
• 저자명: 김명숙(Myung Sook Kim) 이정형(Jeong Hyeong Lee)
• 간행물 정보: 『Journal of The Korean Data Analysis Society (JKDAS)』Vol.11 No.5, 2401~2414쪽, 전체 14쪽
• 주제분류: 자연과학 > 통계학
• 파일형태: PDF
• 발행일자: 2009.10.30

국문 초록

생물계통수(phylogenetic tree)는 분류군이 공통조상에서부터 연속적으로 생겨난 생물군의 진화양상을 나뭇가지의 분지개념으로 나타낸 것으로 가까운 연관성을 지니는 종들은 먼 유연관계에 있는 종들보다 더 최근의 공통조상을 가진다. 본 논문에서는 계통수 추론의 핵심적 근거인 최대가능도(maximum likelihood: ML) 추정법과 베이즈(Bayes) 추정법에서 계통(phylogeny)의 추정과 가설검정을 위해 사용되었던 방법에 대해 살펴보고, 홍조류 Polysiphonia와 Neosiphonia에 속하는 54 분류군의 rbcL 염기서열 자료를 이용하여 계통수를 작성하였다. ML과 베이즈 계통수 추정결과 각 계통수의 DNA 염기 치환비율(substitution rate)이 근소하게 다른 점을 제외하면 동일한 분지군(clade)을 갖는 것으로 나타났다. 따라서 기존의 Polysiphonia 속은 Polysiphonia 속과 Neosiphonia 속의 두 계통으로 분리되어야만 한다는 것이 확인되었다.

영문 초록

We described the approach of estimation and hypothesis testing for maximum likelihood and Bayesian estimation which are core of phylogenetic inference. Maximum likelihood and Bayesian phylogenetic analyses were performed on an rbc L DNA sequences for 54 populations of Neosiphonia and Polysiphonia. The majority rule consensus tree derived from the Bayesian analysis was topologically identical to the single best phylogenetic tree inferred from the maximum likelihood analysis, but substitution rates were slightly different. The rbc L DNA sequence data provided strong support for the monophyly of two genera Neosiphonia and Polysiphonia. In view of these results, the protein-coding plastid rbc L gene sequence data showed that the genus Neosiphonia is distinctly different from the superficially similar genus Polysiphonia.

목차

1. 서론

2. 계통수 작성의 이론적 배경

3. Neosiphonia rbcL 염기서열 자료에 대한 ML 계통수와 베이즈 계통수

4. 결론

참고문헌

키워드

생물계통수 최대가능도 베이즈 염기서열 홍조류 phylogeny maximum likelihood Bayesian DNA sequence Rhodophyta