다중 유전자 염기서열의 계통수 분석을 위한 부적합 길이 차 검정

• 영문명: ILD Test for Phylogenetic Analysis of Multiple Gene Sequences
• 발행기관: 한국자료분석학회
• 저자명: 김명숙(Myung Sook Kim) 이정형(Jeong Hyeong Lee)
• 간행물 정보: 『Journal of The Korean Data Analysis Society (JKDAS)』Vol.15 No.4, 1871~1881쪽, 전체 11쪽
• 주제분류: 자연과학 > 통계학
• 파일형태: PDF
• 발행일자: 2013.08.30

국문 초록

계통분류학에서 분자계통분석은 단일 염기로 분석된 계통수의 정확도가 상대적으로 낮고 이용 가능한 염기서열의 데이터베이스가 기하급수적으로 성장하고 있기 때문에 다중 유전자 염기서열의 유합계통분석(combined phylogenetic analysis)의 적용이 점점 늘어나고 있는 추세이다. 부적합 길이 차(incongruence length difference, ILD) 검정은 다중 유전자 염기서열로부터 최대절약법(maximum parsimony)에 의해 추정된 계통수(phylogenetic tree)의 부적합도를 탐지하기 위한 가장 대표적인 추론법이다. 본 논문에서는 다중 유전자 염기서열을 이용한 계통수 작성의 적정성을 평가하기 위해 ILD 검정에 대해 알아보고, 실증분석으로 홍조류 33 종의 미토콘드리아 COI 유전자 및 엽록체 rbcL과 UPA 유전자 등 3 종류의 DNA 염기서열에 대하여 유합계통수를 작성하였다. 결론적으로 ILD 검정은 유합계통분석의 가능성을 진단하기 위한 가장 적절한 도구로 평가된다.

영문 초록

The combined phylogenetic analyses of multiple genes have become a popular tool due to the relatively poor resolution of phylogenetic tree based on the single gene, and have been facilitated by the exponential growth of public sequence databases. The incongruence length difference (ILD) test has become a standard procedure in the phylogenetic analyses of maximum parsimony (MP) involving more than one gene sequence fragment, or diverse sources of data. The ILD test can be detecting significant incongruence in the phylogenetic tree of MP. In this paper, we reviewed that it is a combined phylogenetic analyses using multiple gene sequences for evaluating the adequacy of ILD test and we also discussed combined phylogenetic tree for 33 species of red algae using mitochondrial COI and chloroplast rbcL and UPA sequences. Consequently, ILD test for MP would be the most appropriate tool for the possibility of combined analyses.

목차

1. 서론

2. ILD 검정

3. 실증분석

4. 결론

References

키워드

분자계통 다중 유전자 염기서열 유합계통수 ILD 검정 최대절약법 molecular phylogeny multiple gene sequences combined phylogenetic tree ILD test maximum parsimony