STS-CAPS 마커 개발을 통한 110개 한국 콩 품종 판별

• 영문명: Discrimination of 110 Korean Soybean Cultivars by Sequence Tagged Sites (STS)-CAPS Markers
• 발행기관: 한국육종학회
• 저자명: 황태영(Tae-Young Hwang) 서민정(Min-Jung Seo) 이석기(Seuk-Ki Lee) 박향미(Hyang-Mi Park) 정광호(Kwang-Ho Jeong) 이유영(Yu-Young Lee) 김선림(Sun-Lim Kim) 윤홍태(Hong-Tae Yun) 이재은(Jae-Eun Lee) 김대욱(Dea-Wook Kim) 정건호(Gun-Ho Jung) 권영업(Young-Up Kwon) 김홍식(Hong-Sig Kim) 김율호(Yul-Ho Kim)
• 간행물 정보: 『한국육종학회지』Vol.44 No.3, 258~272쪽, 전체 15쪽
• 주제분류: 농수해양 > 기타농수해양
• 파일형태: PDF
• 발행일자: 2012.09.30

국문 초록

본 연구에서는 국내 콩 산업의 경쟁력 제고를 위해 국내 콩 품종을 간편하고 신속하게 판별을 할 수 있는 기술을 개발하였다. 공우성(Co-dominant)인 STS 마커는 RCR기반으로 한 agarose gel에서 쉽게 확인이 가능한 장점이 있어 대량의 유전자원 분석 및 품종판별에 효율적으로 사용 가능하다. 본 연구에서 MF technique을 이용하여 우리나라 대표품종인 황금 콩의Genomic DNA library를 작성하고 이를 해독한 염기서 열 정보로부터 STS-CAPS 마커를 개발하여 국내 콩 품종판 별에 적용한 결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 선발된 총 1440개의 클론 중에서 700 bp 이상인 887개의 콜로니에 대해 염기서열 분석을 하였다. 분석된 클론의 염기서열 정보를 이용하여 총 143쌍의 STS primer를 제작하고, 황금콩에서 단일밴드로 증폭되는 101쌍의 primer를 1차 선발하였다. 2. 선발된 101쌍의 primer를 국내 주요 14품종에 적용하여, PCR 증폭 후 AluI, HaeIII 등 7종의 제한효소를 처리, 2% agarose gel에서 전기영동한 후 품종 간 다형성을 확인하였다. 14개 주요 보급 콩 품종에 대해서 다형성 분석을 통해 총 18쌍의 STS primer를 선발하였다. 3. 콩 품종판별을 위하여 선발한 18개 STS-CAPS 조합(51개 조합)의 총 대립인자 수는 147개였으며, 대립인자 수의 범위는 2-6개이었고, 평균 대립인자 수는 2.9 였다. 분석에 사용한 51개의 STS-CAPS조합의 PIC value는 0.02-0.74 의 범위였으며 평균 PIC value는0.40이었다. 4. 110개 한국 육성 품종을 대상으로 단계별(14단계)로 품종 판별을 하였다. 110개의 품종 중 동일한 패턴을 보인 4개의 품종(진품콩과 진품콩 2호 및 소원콩과 신강콩) 을 제외하고 106(96.4%) 품종이 판별되었다.

영문 초록

Soybean is one of the most widely planted crops supplying oil and edible bean. Soybean has a complicated genome due to at least two rounds of polyploidization. Although there are several types of molecular markers available for soybean genotyping, agarose gel-based molecular markers for this purpose are not sufficient. The objective of this study was to develop STS markers that can discriminate Korean soybean cultivars using agarose gels. We employed methylation filtering (MF) technique for constructing a genomic DNA library of “HwangKeum” and selected 1,440 colonies. Of the 1,440 colonies, 887 colonies which had more than 700 bp of insert DNA were sequenced. A total of 143 STS primer sets were designed from sequencing data of selected colonies. One hundred one STS primer sets showed unique band in 14 Korean soybean cultivars and digested with 7 restriction enzymes including Hinf I. Among them, 18 STS primer sets showed polymorphic bands. We developed 51 marker combinations and selected 14 marker combinations, which were used to discriminate 110 Korean soybean cultivars. As the results, 106 cultivars (96.4%) were discriminated by using agarose gel-based markers. Therefore, STS-CAPS markers could be useful to discriminate soybean cultivars and identify soybean genotypes.

목차

서 언

재료 및 방법

결과 및 고찰

적 요

사 사

REFERENCES

키워드

Discrimination STS-CAPS Soybean Genomic DNA library Methylation filtering (MF) technique