Array-비교유전체보합법을 이용한 망막아세포종 세포주(Y-79, WERI-Rb-1)의 유전체이상 분석

• 영문명: Analysis of Genomic Alterations in Retinoblastoma Cell Lines by Array-CGH
• 발행기관: 대한해부학회
• 저자명: 정혜욱(Hye-Wook Jeong) 김미진(Mi-Jin Kim) 한후재(Hoo Jae Hann) 박수연(Soo-Yeun Park)
• 간행물 정보: 『대한해부학회지』제41권 제2호, 121~127쪽, 전체 7쪽
• 주제분류: 의약학 > 의학일반
• 파일형태: PDF
• 발행일자: 2008.04.30

국문 초록

망막아세포종(retinoblastoma)은 소아안구에 발생하는 암으로 RB1 유전자의 결함이 발병에 선행한다고 알려져 있으나, 종양의 진행과 관련된 유전적 지표는 거의 알려진 바가 없다. 이에 본 연구에서는 망막아세포종의 발병 및 진행과 관련된 유전자이상을 규명하고자 array-비교유전체보합법을 이용하여 망막아세포종 세포주 (Y-79와 WERI-Rb-1)의 유전체를 분석하였다. 두 세포주 모두에서 RR, EXOC3, CEP72, TRIP13, TERT, SEMA5A, TAS2R1, MARCH6, CTNND2, CDH12, NHLRC1, TPMT, AOF1, FANCC, NCBP1, XPA, TGFBR1, BAAT, MRPL50, ZNF189, ALDOB, ABCA1, FCMD, TAL2, ZNF462, COL27A1, ORM1, ORM2, AKNA, ASTN2, TRIM32, GSN, STOM, LHX2, PBX3, ABL1, FIBCD1, WNK4, CCDC56, CNT1, BECN1, PSME3, AOC2, LOXHD1, ST8SIA5, SMAD2, KIAA0427, COL18A1, COL6A2, FTCD, LSS의 51개 유전자가 공통적으로 증가하였고, RB1을 비롯하여 ZDHHC3, EXOSC7, CLEC3B, CACNA2D3, DEFB106A, FAM90A6P, FAM90A7, ZMYND11, LARP5, GTPBP4, IDI2, IDI1, KLF6, AKR1CL2, FBXO18, IL15RA, IL2RA, TAF3, GATA3, CUGBP2, DHTKD1, SEC61A2, NUDT5, ITGA8, PTER, C1QL3, RSU1, DNMT2, PTPLA, PLXDC2, NEBL, MLLT10, DNAJC1, PIP5K2A, PRTFDC1, NRP1, PARD3, MGMT, RFP2OS, RFP2, KCNRG, IGHV, CDH19, TXNDC10, RTTN의 46개 유전자가 공통적으로 감소했다. 본 연구에서는 array-비교유전체보합법을 이용하여 망막아세포종 세포주에 대한 유전자변화를 최초로 확인하였고, 이를 통해 기존에 알려지지 않은 많은 이상부위와 새로운 후보유전자를 발견하였다. 즉, 이상의 유전자들은 망막아세포종의 발생 또는 진행과 관련된 유전자들일 것으로 판단되며 향후 이에 대한 기능적 연구가 요구된다.

영문 초록

Retinoblastoma is the most common intraocular malignancy in young children, arising in approximately 1 per 20,000 live births. Although it is established that the functional loss of both alleles of the RB1 gene is a prerequisite for the development of retinoblastoma, little is known about the genetic events that are required for tumor progression. To screen the genomic aberrations, two retinoblastoma cell lines, Y-79 and WERI-Rb-1, were analysed by using array-CGH. As a result, gains of AHRR, EXOC3, CEP72, TRIP13, TERT, SEMA5A, TAS2R1, MARCH6, CTNND2, CDH12, NHLRC1, TPMT, AOF1, FANCC, NCBP1, XPA, TGFBR1, BAAT, MRPL50, ZNF189, ALDOB, ABCA1, FCMD, TAL2, ZNF462, COL27A1, ORM1, ORM2, AKNA, ASTN2, TRIM32, GSN, STOM, LHX2, PBX3, ABL1, FIBCD1, WNK4, CCDC56, CNT1, BECN1, PSME3, AOC2, LOXHD1, ST8SIA5, SMAD2, KIAA0427, COL18A1, COL6A2, FTCD and LSS were found in both cell lines. Lost clones detected in both cell lines were RB1, ZDHHC3, EXOSC7, CLEC3B, CACNA2D3, DEFB106A, FAM90A6P, FAM90A7, ZMYND11, LARP5, GTPBP4, IDI2, IDI1, KLF6, AKR1CL2, FBXO18, IL15RA, IL2RA, TAF3, GATA3, CUGBP2, DHTKD1, SEC61A2, NUDT5, ITGA8, PTER, C1QL3, RSU1, DNMT2, PTPLA, PLXDC2, NEBL, MLLT10, DNAJC1, PIP5K2A, PRTFDC1, NRP1, PARD3, MGMT, RFP2OS, RFP2, KCNRG, IGHV, CDH19, TXNDC10 and RTTN. Through this study, it is confirmed that many genomic aberrations are involved in the development and progression of retinoblastoma. Genomic profiling of retinoblastoma cell lines by array-CGH revealed numerous imbalanced regions and novel candidate genes. These data provide a basis for more detailed molecular characterization and testing their pathologic roles of these candidates.

키워드

Retinoblastoma Cell line Array-CGH Genomic aberration 망막아세포종 세포주 Array-비교유전체보합법 유전체이상